ينحدر من جذور كردية.
درس في معهد السينما خلال الفترة التي قام خلالها يوسف شاهين وصلاح أبو سيف وتوفيق صالح بالتدريس في المعهد.
أخرج أول أفلامه (الحب الذي كان) وهو لا يزال في الثامنة والعشرين من عمره.
كان يرغب في البداية بالالتحاق بالكلية البحرية، لكن والده ألحقه للدراسة بمعهد السينما.
حصل على جائزة أحسن إخراج عن فيلم الكرنك في المسابقة التي أقامتها وزارة الثقافة لأفلام عام 1975.
قال عنه يوسف شاهين (يمكنني أن أمرض أثناء العمل في فيلم إذا كان مساعدي هو علي بدرخان، أعرف أنني يمكنني أن اعتمد عليه تمامًا في غيابي وسيقوم بكل شيء كما لو كنت موجودًا).
تعرض للسجن لمدة 10 أيام خلال فترة حكم الرئيس حمد أنور السادات.
كان من بين الفنانين الذين شاركوا في الحركة الاحتجاجية التي شارك بها أعضاء النقابات الفنية في عام 1987 احتجاجًا على التعديلات التي أجريت في النقابات المهنية، وقد تناول يوسف شاهين وقائع هذا الاحتجاج من خلال فيلم (إسكندرية كمان وكمان).
هو نجل المخرج أحمد بدرخان، وقد عمل مساعد مخرج معه منذ سنته الأولى بالمعهد.
كان يهوى التصوير الفوتوغرافي منذ الصغر.
وقع خلاف بينه وبين السيناريست وحيد حامد حول طريقة تقديم مسرحية (جريمة في جزيرة للماعز) لأوجو بيتي على شاشة السينما، مما أدي لخروج القصة في فيلمين (الراعي والنساء) الذي أخرجه وكتب له السيناريو، وفيلم (رغبة متوحشة) لوحيد حامد وخيري بشارة.
تعاون في ست أفلام مع الفنانة سعاد حسني، وهي (الحب الذي كان، الكرنك، شفيقة ومتولي، أهل القمة، الجوع، الراعي والنساء)، وكان زوجها لمدة 11 سنة، حيث بدأت قصة حبهما خلال عمله كمساعد مخرج لأبيه المخرج الكبير أحمد بدرخان في فيلم (نادية)
له فيلمان ضمن قائمة أفضل 100 فيلم مصري في القرن العشرين بحسب استفتاء عدد من النقاد في سنة 1996، وهما: الكرنك (1975)، أهل القمة (1981)