تقوم الحكومة الأمريكية بتكليف عالم آثار يدعى إنديانا جونز بمهمة لاستعادة تابوت ضائع قبل أن يعثر عليه النازيون.
بعد وصوله إلى الهند، يطلب أهالي قرية يائسة من إنديانا جونز العثور على حجر غامض. يوافق إنديانا، وفي أثناء بحثه يصادف طائفة تخطط لشيء رهيب في سراديب قصر قديم.
يخوض المغامر وعالم الآثار (إنديانا جونز) مغامرة مثيرة من أجل الحصول على الكأس المقدس الأسطوري، ويصحبه في تلك المغامرة والده، وهذا الكأس الأسطوري يمتلك قدرة نادرة على شفاء من يشرب منه، ويروى عن هذا الكأس أن من يشرب منه ينال الخلود، ولأجل هذا الغرض يحارب إنديانا العديد من الأشرار ﻷجل هذا الكأس.
في عام 1957، يتصارع (إنديانا)، الذي أصبح أكبر سنًا وأكثر حكمةً، مع عملاء الإتحاد السوفيتي الذين يقودهم (سبالكو) من أجل الحصول على الجمجمة البلورية، وتقود المغامرات (جونز) إلى أمريكا اللاتينية والجنوبية، ابتداءً من مدينة نيو مكسيكو، ثم كونيكتكت، والعاصمة المكسيكية ميكسيكو سيتي، وأدغال بيرو.
في عام 1969، يعيش عالم الآثار والمغامر إنديانا جونز حياة عادية بعيدة عن الإثارة التي اعتاد عليها، ولكنه سرعان ما يعود في مغامرة رفقة ابنته الروحية هيلينا في مواجهة مع رجل نازي يُدعى فولر.