تتناول حلقات المسلسل قصة العديد من المخاطر التي يتعرض لها العملاء السريين التابعين لمكتب العمليات الخاصة، والذي يتوجب عليهم التخفي الدائم في عملهم عن طريق استخدام هويات مزيفة للإيقاع بالخارجين عن القانون والذين يمثلون خطرا وتهديدا كبيرا على الأمن القومي.
يعود الفريق من أجل التحقيق في سلسلة من أغرب وأكثر الجرائم تعقيدًا، ذلك بقيادة ليروي والبقية، حيث تتعرض زوجة وابنة ضابط بحري للاختطاف، وجثة سيدة يكتشفها بحار.
يحاول جيبس الانتقام لمقتل كيت وحيث يتدخل جيني شيبارد الحبيب السابق لكيت ومدير مكتب القوات البحرية للتحقيقات الجنائية وضابط الموساد زيفا ديفيد، كما يستعرض العمل أيضًا قصة مايك فرانكس الذي يساعد جيبس في التعافي من انفجار قنبلة مميتة.
يغادر جيبس مكتب إن سي أي أس، ويقود الفريق دينو زوو لفترة قصيرة حتى عودة جيبس النهائية، وتنتقل ميشيل لي إلى القسم القانوني عند عودة جيبس ويسعى مكتب التحقيقات الفيدرالي إلى زيفا لكشف سر الانفجار ومن المسئول عنه.
يعرض الجزء الخامس من مسلسل إن سي آي إس نهاية تورط (دونالد ب. بيليساريو) كمرشح في عرض، والعارض الجديد هو (شين برينان)، يكشف هذا الموسم مزيد من المعلومات الأساسية حول (جيبس)، وأيضًا حول وفاة (جيني شيبارد).
يصبح ليون فانس مديرًا لـلقوات البحرية للتحقيقات الجنائية ويتم تقديم الأعضاء الجدد ميشيل لي ودانييل كيتنج والعميل الخاص برنت لانجر من مكتب التحقيقات الفيدرالي.
في الجزء السابع من مسلسل (إن سي آي إس)، وبينما يخيم الحزن لفقدان زيفا، يصبح على توني ومكجي البحث عن بديل لها من جانب، وحل العديد من القضايا والألغاز من جانب آخر.
يعد هذا الجزء تكملة لسلسلة القضايا الجنائية، التي يحلها فريق التحقيقات الجنائية في البحرية بعبقرية، حيث يتولون العديد من القضايا العويصة ويعلمون على حلها بكفاءة.
يواصل المسلسل ما بدأه من كشف ملابسات الجرائم التي تقع، يبدأ الجزء التاسع بالبحث عن مُطلق النار الذي أصاب توني والعميلة إي جي باريت وقتل العميلة كيد، ثم يُغلق هذا التحقيق ويظهر من جديد في نهاية حلقات هذا الجزء، فيما يقوم إرهابي يُدعى هاربر ديرنج بإستهداف المنشآت البحرية؛ وذلك انتقاماً لموت ابنه الذي...اقرأ المزيد توفى على متن سفينة بسبب نقص إجراءات السلامة على متن السفينة.
تستمر أحداث سلسلة (إن سي إس إس) في جزئها العاشر ، واكتشاف مسئولية نائب مدير الموساد عن الهجوم ، وينتقل كل من (Leon Vance ، Ziva David) إلى متن سفينة للانتقام منه ، بالمخالفة لأوامر الإدارة الأمريكية ، ويتعرضان لتحقيقات من قبل الأجهزة الأمنية .
يواصل المسلسل في الجزء الـ11 استعراض الجرائم التي ارتكبها جنود في سلاح البحرية، والتي يتتبعها فريق من أفضل محققي البحث في الجرائم، كل هذا في إطار من الغموض والإثارة.
تدور أحداث هذا الجزء الثاني عشر من المسلسل حول (سيرجي ميشنيف) الذي يعمل على إرسال واحد من مساعديه إلى الولايات المتحدة اﻷمريكية لقتل عالم روسي رفض العمل معه.
يستكمل فريق إن سي آي إس مهامه في العالم الصعب، حيث يتعرض الكثير من رجال القوات المسلحة للاختفاء والقتل، ويصبح على الفريق وضع حد لهذه الجرائم المتتالية.
يحقق فريق التحقيقات (إن سي آي إس) في مجموعة من التفجيرات التي تستهدف السيارات بشكل غامض، بينما يتعرض العديد من رجال القوات المسلحة للاستهداف من مجهول.
بعد القبض عليهما من قبل الثوار أثناء القيام بمهمة في براجواي، يضع ليروي وتيموثي خطة من أجل الهرب والعودة لوطنهما، ويعود الدكتور دونالد ميلادر إلى إنجلترا.
يحاول الفريق في هذا الجزء من السلسلة العمل على حل جريمة لم تُحل لزميلتهم الراحلة (زيفا)، ولكن سرعان ما تبدأ الحقائق الغامضة في الظهور للنور، وتتوالى الأحداث.
بعد اكتشافهم حقيقة كون زيفا على قيد الحياة وعودتها للفريق، يحاول الفريق التعامل مع الصدمة الجديدة بعودة زميلتهم، بينما على صعيد آخر يستمر السعي لحل أصعب الجرائم.
في الموسم الثامن عشر، يحاول جيبس وفورنيل تعقب زعيم عصابة مخدرات كانت تزود ابنة فورنيل بالمخدرات؛ ويتعامل الفريق مع قضية جثة مفقودة من غرفة تشريح إن سي آي إس.
في الموسم التاسع عشر، أثناء بحث فريق إن سي أي إس عن جيبس بعد اكتشاف تحطم قاربه، يكتشفوا أنه كان يتعقب قاتلًا متسلسلًا مع الصحفية ماريسا، وأثناء محاولت جيبس العثور على القاتل المتسلسل يكتشف الفريق أن شخصًا آخر كان يتتبع القضية أيضًا.
في الموسم العشرين، لا يزال باركر هارباً مع زوجته السابقة فيفيان، لذلك يحقق الفريق في من قد يكون لديه ثأر ضده، وتتقاطع حياة ماكجي الشخصية مع حياته المهنية عندما يرتبط أب من مدرسة أطفاله باقتحام مخزن حكومي.
في الموسم الحادي والعشرين، يجب على الفريق مساعدة (توريس) عندما يضع مستقبله على المحك من خلال مواجهة الرجل الذي عذب عائلته عندما كان طفلًا، وبينما ينعي الفريق فقدان (داكي)، يجد العملاء الراحة في العمل على إحدى قضاياه غير المكتملة المتعلقة بامرأة تم تسريح والدها من مشاة البحرية بشكل غير مشرف.