يقوم شرطي في بلدة جرين هيلز الريفية بمساعدة (سونيك القنفذ) على الهروب من الحكومة التي تتطلع للقبض عليه، لكن هل هذا له سبب طبيعي؟ ولم تطارده الحكومة من الأساس؟
بعد استقراره في جرين هيلز، يقضي سونيك وقته في محاربة الجريمة، ولكن حينما يعود دكتور روبوتنيك مجددًا مع رفيقة الجديد ناكلز بحثًا عن مصدرا للطاقة يُمكنهما من القضاء على الحضارة، ينطلق سونيك رفقة مُساعدته تيلز لإنقاذ العالم.
في هذا الجزء يظهر شبيه القنفذ الأزرق (سونيك)، وهو قنفذ آخر ملقب بـ(شادو)، ويبدأ في استخدام أساليب ماكرة، معتمدًا على ذكاءه الشديد، مما يدفع (سونيك) و(ناكلز) و(تايلز) للاتحاد في سبيل التصدي له.