يسجن رجل بريء ويحكم عليه بالإعدام، وأمله الوحيد الآن في أخيه الأصغر الذي يفتعل جريمة لكي يرسل نفسه للسجن ويضع خطة من أجل هروبهم معًا، بالإضافة لبعض المدنيين الأخرين في السجن، تقابلهما مجموعة من المشاكل والمعضلات المشوقة والمثيرة فيحاولان حلها من أجل تنفيذ الخطة مهما كلفهما الأمر.
بعد نجاحهم في الهرب، يفترق مايكل رفقة شقيقه لينك عن باقي السجناء، لتبدأ رحلة البحث عن الحقيقة، أو الهرب للأبد، ويحاول عميل المباحث الوصول إلى مايكل ولنكولن.
يدخل مايكل سجن بنما بدلًا من سارة، ليجد نفسه مطالب مجددًا بالهرب مع حلفاء الماضي، ولكن في هذه المرة يصبح عليه تحرير أحد السجناء الذي يُدعى جيمس ويسلر في مقابل إنقاذ حياة سارة.
بعد هروب مايكل ولينك من سجن بنما واكتشافهما أن سارة ما زالت على قيد الحياة، يجمع مايكل فريقه القديم في محاولة لسرقة جهاز سري يُدعى سيلا في مقابل الحصول على حريتهم للأبد.
في الجزء الخامس وبعد مرور سبع سنوات على خبر وفاة (مايكل سكوفيلد) المزيف، يظهر من جديد في سجن أوجيجيا بصنعاء كإرهابي داعم لتنظيم داعش ويلقب نفسه ب(كانيل أوتيس)، يغامر إثنان من أصدقائه للسفر لليمن ومحاولة إرجاعه، تتزوج (سارة) زوجة (مايكل) من عميل سري كان المسؤول عن اختفاء مايكل وتزوير خبر وفاته.