استكمالا لأحداث الجزء الأول من مسلسل الجماعة، والذي تناول نشأة جماعة الإخوان على يد حسن البنا، يواصل المسلسل تناول تاريخ جماعة اﻹخوان المسلمين بعد فترة حسن البنا في ظل حكم الرئيس جمال عبدالناصر، وهى الفترة التي سيطر فيها حسن الهضيبي وسيد قطب عل مقدرات الجماعة.
في هذا الجزء، وبعد استعراض نشأة جماعة الإخوان المسلمين وحسن البنا، تتعرض الأحداث لفترة سيطرة حسن الهضيبي وسيد قطب على الجماعة.