توماس أندرسون رجل يعيش حياتين. نهارًا يعمل مبرمجًا عاديًا، وليلًا هاكر يعرف باسم نيو. لطالما تساءل نيو عن واقعه، لكن الحقيقة تتجاوز خياله. يصبح هدفًا للشرطة عندما يتواصل معه مورفيوس، هاكر أسطوري تصفه الحكومة بالإرهابي. كنقيب في مواجهة الآلات، يجب على نيو مواجهة الوكلاء، برامج حاسوبية قوية مكرسة...اقرأ المزيد لإيقافه وإخماد تمرد البشر.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته...اقرأ المزيد (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك...اقرأ المزيد لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
بعد مرور عشرين عامًا، يعيش نيو حياة عادية في مدينة سان فرانسيسكو، وحينما يتقابل مجددًا مع مورفيوس، سرعان ما يُساعده الأخير على تذكر الماضي وفتح عقله بالعودة إلى عالم المصفوفة (ماتريكس) مجددًا.