بمجرد بدء جهود إعادة البناء في نينجاجو، يُدرك النينجا الأربعة أن الشر قد بدأ في الظهور مرة أخرى مع اللورد جارمادون.
عندما يجلب جارمادون عن طريق الصدفة الحياة إلى الملاك الأصليين لبلاك باونتي، الأمر متروك للنينجا لمنعهم من نهب المدينة.
عندما توجه دعوة للأبطال للعودة إلى مدرسة داركليز بوردنج، يكتشفون أنها فخًا نصبه اللورد جارمادون.
عندما يعلم فريق النينجا أن مصير داريث بين يديهم، يدخل الأبطال في سباق نينجابول السنوي للفوز بجائزتها النقدية من أجل إنقاذ دوجو.
عندما يقاطع فريق النينجا طريق جارامادون ومنعه من استخدام سلاحه الضخم لإعادة عقارب الساعة إلى الوراء، يُضرب النينجا ويتحولوا إلى أطفال.
عندما يسافر جارامادون في الزمن من أجل تغيير الماضي والتلص من النينجا في المستقبل، يتبعه فريق النينجا لمحاولة إيقافه.
يواجه فريق النينجا عرضًا لمحارب الساموراي الحجري العائد إلى الحياة، بينما تمكن جارمادون من العثور على جزيرة مظلمة أسطورية يُقال أن على متنها قوى مظلمة.
يحاول فريق النينجا الفرار من بقية الجيش الحجري العائد للحياة وتزداد الأمور سوءًا عندما يُسيطر جارمادون على الجيش.
ينطلق لويد وسينسي وه وميساكو إلى الجزيرة المظلمة للعثور على معبد النور الذي يمكنه استعادة قوى عناصر النينجا يتعرض الفريق للهجوم من قبل ستارتيث.
بعد محاربة الجيش الحجري لجارمادون، يصل فريق النينجا أخيرًا إلى معبد النور لاستعادة قواهم الأساسية النقية.
عندما تفشل محاولة فريق النينجا لإعادة خوذة الظلام لجارمادون إلى موقعها في الساعة السماوية من أجل منع بدء المعركة النهائية بين لويد ووالده، يُفعل سلاح خارق يمكنه تدمير نينجاجو.
عندما يستخدم جارمادون سلاحه الخارق الجديد لنشر شره في قرية جاماكي، فإنه يسمح لروح أوفرلورد بالعبور وامتلاك جسده.
يحل ظلام عظيم على نينجاجو حيث يُحول سلاح جارمادون كل شيء إلى الشر، ويكتشف لويد وفريق النينجا السر للوقوف أمام الظلام.