اثنان من عملاء مكتب التحقيقات الفيدرالي، (فوكس مولدر) المؤمن، و(داني سكالي) المُشككة، يحققان فيما يتعرضون له من حالات غريبة غير مبررة، وغير خاضعة للتفسيرات المنطقية، بينما تعمل قوى خفية على عرقلة جهودهم وإعاقتهم عما يحاولان بلوغه.
في أعقاب إغلاق ملفات الإكس، تم تعيين سكالي في أكاديمية مكتب التحقيقات الفيدرالي بينما حصل مولدر على شريك جديد. لكن كلاهما عاد إلى عالم ما وراء الطبيعة عندما اختطفت الكائنات الفضائية سكالي، وظهرت امرأة تدعي أنها أخت مولدر المفقودة للمساعدة في قضية.
تحاول الحكومة الوصول لكل المعلومات والملفات التي توصل لها مالدر المرجح وفاته، بينما تحاول سكولي الوقوف أمام الجميع في محاولة لإنقاذ زميلها الذي تؤمن بعودته من الموت.
بينما تتدهور حالة سكولي الصحية بعد اكتشاف إصابتها بمرض السرطان واقترابها من التقاعد، يقرر مالدر البحث عن علاج ظنًا إنها تعرضت للإصابة خلال أحد رحلاتهما.
يحقق مالدر وسكولي في مهمة جديدة، حينما تظهر امرأة غامضة تزعم اختطافها من قبل الكائنات الفضائية عدة مرات ورغبتها في تحسين منظور البشر تجاه مخلوقات الفضاء.
يبدأ كل من سكولي ومالدر الدخول في مغامرة جديدة في محاولة مطاردة كائن فضائي هارب في فينيكس بولاية أريزونا اﻷمريكية، ليجدوا أنفسهما في خطر كبير بسبب رجل غامض.
في الموسم السابع من المسلسل، وبعد دخول مالدر السجن، تذهب سكولي في مغامرة إلى قارة إفريقيا في محاولة لكشف العديد من الأسرار حول ملف المخلوقات الفضائية.
في الموسم الثامن من المسلسل، وبعد وفاة مالدر، تنقلب الأمور رويدًا رويدًا في حياة سكولي، والتي تجد نفسها تتعامل مع احتمالية عودة زميلها السابق من الموت للحياة.
بعد اختفاء مالدر، يتم تكليف سكولي من قبل دودجيت في مهمة التحقيق في أمر جريمة قتل غامضة، كما يجرى التحقيق في سلسلة من جرائم القتل التي تتصل بطائفة شيطانية.
بعد ثلاثة عشر عامًا، يعود فوكس مالدر رفقة دانا سكولي، من أجل مباشرة عملهما بالتحقيق في أغرب الظواهر والقضايا الخارقة، حيث يسعى الثنائي لكشف حقيقة وجود مخلوق غامض على الأرض.
بينما يبحث (ملدر) عن ابنه المفقود رفقة زوجته (سكالي)، يكتشف الثنائي وجود قوة خفية تبحث أيضًا عن ابنهما، ولكن تنكشف العديد من الأسرار الغامضة ليجدا أنفسهما في حقل من التجارب للقضاء عليهما.