تدور أحداث الفيلم حول فريق (جي آي جو) الاستخباراتي، والمزود بأحدث الأجهزة في عالم التجسس وأرقى التقنيات، والذين يعملون علي إيقاف منظمة إرهابية تدعى (كوبرا) والتي تحاول تدمير العالم.
بعد أن يتم حله بأمر من رئيس الولايات المتحدة شخصيًا، يعود فريق (جي. أي. جو) مرة أخرى لكن دون غطاء رسمي للعمل لإنقاذ العالم من خطر محقق، وهذه المرة يفق أعضاء الفريق ضد (زارتان) وأعوانه، الذي يريد السيطرة على العالم من خلال نفوذه.
يتناول العمل قصة واحد من أبطال عالم جي. آي. جو، سنيك أيز والذي يركز العمل على بدايته وقصته، منذ دخولة عشيرة أراشيكاجي بحثًا عن الطعام، إلى تدريبه ليصبح رجلًا ذو قدرات خاصة.