تدور الأحداث حول ثلاثة أطفال ينتقلون إلى العالم الرقمي، حيث يُطلب منهم إنقاذ مناطق محددة بمساعدة "شوتمون"، الديجيمون الشجاع الذي يحمي ذلك العالم.
يعود ميكي كودو وشريكه الديجيمون شوتمون إلى العالم الرقمي بعد تحقيق انتصارهم الأول، لكنها يجدان أن العالم تم تقسيمه إلى سبع مناطق يحكمها جنرالات الظلام الأقوياء، لذا يجمع مايكي كل القوى لاستعادة السلام ومواجهة اللورد باجرا.