بعد القبض على منصور الحفني و الحكم عليه بالإعدام، تمكن من الهرب، أثناء اقتحام السجون عقب أحداث ثورة ٢٥ يناير، و عثر على أخيه فضل الحفني في أبوقير، و معه ابنه على منصور الذي أصبح شاباً، يقيم علاقة عاطفية مع ابنة صاحب كشك السجاير، و أجبر منصور الجميع على العودة للجزيرة، لاستعادة الأرض و الدار و النفوذ، مستعيناً بزعيم المطاريد جمعة. عاد منصور للجزيرة ليجد أن الظروف قد تغيرت، بعد أن استولت كريمة على الأرض، و أصبحت كبيرة الجزيرة، و تصالحت مع عائلة فوقية، زوجة منصور، التى قتلها أخوها، و دفعت الدية لوالدها عبدالعزيز رحيم و شقيقه كبير العائلة الشيخ رمضان رحيم، و قد وافق الجميع على أن تصبح كبيرتهم إمرأة، حتى يخرج أخوها ناجح من السجن، و لكن بعد مقتله فى السجن على يد أتباع الرحالة، طمع الجميع فى الزواج من كريمة، للسيطرة على الجزيرة، و خاصةً كبير الرحالة الشيخ جعفر، و عرضت كريمة على كبار الجزيرة نصف مصنع السلاح الذى تمتلكه، مقابل بقاءها كبيرتهم. الرحالة جماعة من أماكن شتى، ليس لهم مقر غير الصحراء، فالجميع يلفظهم، لاتخاذهم الدين ستاراً لأعمالهم و أهدافهم، فهم يتاجرون في السلاح و السيارات المسروقة، و يسعون لشراء أراضي لتصبح وطنًا دائمًا لهم، يسيطر عليهم زعيمهم جعفر باسم الدين بليّ حقائقه و يسعى للإيقاع بين الجميع، ليسود و جماعته، كما كان يتعاون مع وزارة الداخلية، مقابل التغاضى عن تصرفات الجماعة، مثلما كان منصور، في السابق، يتعاون مع الداخلية، متمثلة فى اللواء رشدي، الذي قبض عليه فى أعقاب ثورة يناير، بتهمة قتل المتظاهرين. يستغل منصور حاجة أهالي الجزيرة، لتصريف محصول الأفيون و يعرض شراءه ليصبحوا عشيرته الجديدة بجانب المطاريد، و عندما يفشل فى توزيع المخدرات، يلجأ لزعيم الرحالة جعفر، الذي يوافق على شراء المخدرات، و إحضار عفو له من الحكومة، مقابل نزول الرحالة من الجبل للعيش فى الجزيرة، و يوافق منصور، بعد أن آمن للرحالة الغادرين، و الذين أعطوه سلاحاً مقابل المخدرات، و اضطر منصور لتهريب اللواء رشدي، أثناء ترحيله، ليساعده فى بيع السلاح، ويدبر جعفر بائع وهمى يشترى جزء من السلاح مقابل مليون جنيه، حتى يطمئن منصور، وحتى يتم اعادة بناء داره المتهدم، يقيم لدى الشيخ رمضان رحيم وبناته الثلاث، ويعرض منصور الزواج من كبرى بناته، ولكن الشيخ رمضان يرفض، ولكن والدة كريمة انتقاماً لمصرع ابنها ناجح بالسجن، تأمر أحد أتباعها بقتل الشيخ رمضان، وتعرض إبنته الكبرى الدكتورة صفية على منصور موافقتها على الزواج مقابل رأس كريمه، ويوافق منصور بشرط زواج عمه فضل من أختها الأوسط زينب ( سلامه غانم) وزواج إبنه على من إختها الصغرى هديه (مى الغيطى)، ويتم الزواج، وتشتعل الغيرة فى قلب كريمة، التى توافق على الزواج من الشيخ جعفر، لتنتقم من منصور، وتحظى بحماية الرحالة، الذين يسيطرون على الجزيرة بعد أن كشفوا للأهالي سر منصور الذى بادلهم المخدرات بالسلاح، وضياع أموالهم، فتخلوا عن منصور، بعد أن وعدهم جعفر بتسليمهم أموالهم، وتم قتل فضل الحفنى، وأصبح منصور وحيداً، بعد تخلى المطاريد عنه، ويضطر الأهالى لبيع أراضيهم للرحالة. وحتى ينتقم الرحالة من الداخلية، يقومون بقتل عائلة اللواء رشدى، بعد حصوله على البراءة، كما يقتل الرحالة أهل كريمة، لتخلوا لهم الجزيرة، وترفض الداخلية مواجهة الرحالة، فيتجمع بعض الضباط وينضمون لرشدى، الذين ينضمون لمنصور وأهل الشيخ رمضان، والمتبقي من أهل كريمة، بغية القضاء على الرحالة، وإخراجهم من الجزيرة، ويتمكنون من هزيمتهم، والقبض على الشيخ جعفر، الذى هدد بتفجير المكان بمفجر فى يده، وعرض على رشدى تركه يذهب لحال سبيله، ولكن منصور رفض، بمنطق أن بخارج المكان أهله وإبنه، سوف يتابعون المسيرة، وهجم على المفجر فى يد جعفر، ويتفجر المكان بمن فيه رشدى ومنصور وجعفر، ويقوم المطاريد بتنصيب على منصور كبيراً للجزيرة، رغم أنف كريمه وفلول الرحالة. (الجزيرة 2)
في أعقاب ثورة 25 يناير وحوادث اقتحام السجون التي حدثت في تلك الفترة، يهرب منصور الحفني المحكوم عليه بالإعدام من السجن، ويجتمع شمله مع شقيقه (فضل) وابنه (علي)، ويعودون معًا إلى الجزيرة من أجل استعادة ما فقدوه رغم رفض الابن لذلك، ولتحقيق هذا الهدف يتوجب على (منصور) أن يقف في مواجهة حبيبته القديمة كريمة التي صارت كبيرة عائلتها، ولكنهما يدركان أن قواعد اللعبة قد تغيرت خاصة مع ظهور زعيم الرحالة الشيخ جعفر في الصورة.
تدور أحداث الجزء الثاني من فيلم الجزيرة حول هروب (منصور الحفني) من السجن، وعودته مرة أخرى للجزيرة وتجارة المخدرات.