بعد مرور أقل من عام على أحداث الجزء الأول، تقع (دوري) فريسة لذكريات الطفولة، إنها تتذكر شيئًا عن (جوهرة مونتري)، لتخرج السمكة دوري في رحلة وحيدة للعثور على عائلتها، تصل السمكة دوري لمعهد الحياة البحرية بمونتري، بينما يقوم (نيمو) مع والده بالبحث عن دوري، تتعرف دوري على أخطبوط ودولفين أبيض يساعدانها على المضي قدمًا في رحلتها.
تنطلق سمكة في رحلة للبحث عن عائلتها دون إخبار المحيطين بها عن وجهتها، بينما يقوم نيمو بالبحث عنها ومساعدتها.