تحصل السلاحف من والد سبلنتر على الأذن بالخروج من البلوعة ورؤية العالم الخارجي من حولهم. بينما يتجول فريق السلاحف يكتشفوا معا أن سطح الأرض ليس بالسهولة التي كانت في مخيلتهم.
يستمر فريق سلاحف النينجا في استكشاف العالم الخارجي، وبينما تبدأ رحلة من التعرف على المجهول، يكتشف الفريق أن قوى الشر تسيطر على المدينة، ويتعين عليهم التدخل من أجل مساعدة الأبرياء.
عندما يتم التقاط صورة على هاتف خلوي من قبل غامضين للسلاحف، يتعين عليهما البحث عن المصور ومسح الصورة، ولكن عندما تتطور الأمور مع صاحب الهاتف، ينفجر راف غاضبا ويصبح خارج عن السيطرة.
يحاول فريق سلاحف النينجا إثبات أن السلاحف يمكنها أن تصبح أصدقاء مع البشر، حيث يقرر مايكلانجلو التقرب من كريس برادفورد المشهور في فنون الدفاع عن النفس من خلال وقع تواصل اجتماعي.
يتسحب فريق النينجا واحد تلو الاخر متحدين والدهم سبلنتر الذي نصحهم بعد الخروج، حيث يذهب الفريق إلى شخص يدعى باكستر ستوكمان، ليكتشفوا معا أن باكستر يعمل في مجال صناعة الآلات الغامضة للسيطرة على المدينة.
بينما يحاول فريق سلاحف النينجا مواجهة الشر والذي يمتلك تقنيات تكنولوجية شديدة التقدم، يقرر دوناتلو وكرانج صناعة إنسان آلي يدعى ميتالهيد، حيث يمكن للفريق التحكم به عن طريق جهاز التحكم عن بعد.
يحقق دوناتيلو وأبريل في اختفاء عالم في ظروف غامضة، وحينما يقتربا من الحقيقة، تنكشف المؤامرة بقيام قرد غريب الأطوار وشرير يحاول استخدام العلم لنشر شره في المدينة.
يشعر ليو أن تسامحه الزائد عن اللزوم ورحمته الكبيرة قد تكون سببا في العديد من المشاكل، حينما يقود زيفر باحتجاز صاحب متجر للمعكرونة كرهينة، لتصبح حياة الرهينة في خطر كبير.
عندما تتلقى أبريل استاغثة من والدها المسجون، تقرر الذهاب رفقة السلاحف في مهمة من أجل مساعدة والدها من جانب، ومنع كرانج من تفجير قنبلة في المدينة من جانب اخر.
يتعين على فريق السلاحف بمساعدة أبريل من الوقوف أمام برادفورد، والذي يستخدم مواد كيميائية قاتلة من أجل تدمير المجاري، والقضاء على السلاحف للأبد.
حينما تنمو التهديد من قبل باربل دراجونز وباكستر ستوكمان باستخدام قوة ميكانيكية للقضاء على السلاحف والسيطرة عليهم، يتعين على الفريق الانقسام لمجموعتين، وإثبات جدارة كل فرد من الفريق.
يشكل مايكلانجلو صداقة مع مخلوق متحول غامض قادم من أعماق المجاري، وحينما يقوم المخلوق بالسيطرة على تكنولوجيا كرانج المتقدمة، يصبح الفريق بأكمله في شك من هوية المخلوق.
يتعين على فريق سلاحف النينجا التصدي لعدو جديد، حيث يظهر ملك الفئران ليهدد بالسيطرة على المدينة بأكملها، ومن أجل تنفيذ خطته الشريرة يتحدى الجميع بقدرته على السيطرة على عقل المعلم سبلنتر.
يشعر ليوناردو بالغضب الشديد من انتقادات رفايلو المستمرة. يسعى ليوناردو لفرض سيطرته على الفريق من أجل أن يصبح القائد. يقابل ليوناردو فتاة نينجا خطيرة وجميلة والتي تحاول إظهار الجانب الأسود من ليوناردو.
يتذوق فريق سلاحف النينجا معنى المدرسة للمرة الأولى، حينما يرى كرانج مشروع أبريل في المدرسة.
يقع الفريقا بأكمله في مأزق، حينما يظهر طفل صغير يعشق سلاحف النينجا يدعى وانابي، وحينما يرفض الفريق ضمه لصفوفهم خوفا عليه من المخاطر، يقرر وانابي ارتداء بذلة الطاحن ومحاربة الجريمة بنفسه.
بينما يحاول فريق السلاحف اقتحام البيئة العدوانية في معهد تكنو للبحوث الكونية، يكتشف الفريق النوايا الحقيقية لكرانج، ويتعين عليهم الوقوف أمام غزو من الكائنات الفضائية للسيطرة على المدينة.
بينما يحاول الفريق التصدي لخطة كرانج في غزو المدينة والسيطرة عليها، يجدوا أنفسهم مطاردين من قبل صرصور طائر عملاق، لا يترك أي شيء إلا ويقوم بتدميره.
عندما يتعرض باكستر ستوكمان للهزيمة من قبل فيشفيس ودوجباوند وسلاحف النينجا، يشعر بالإهانة الشديدة من الجميع. يقرر باكستر تنفيذ خطة للانتقام من كل من تسببوا في هزيمته، حيث يضعهم جميعا في متاهة بلا مخرج.
عندما يشاهد كراي بنفسه محاولة كرانج باستخدام جيش من الكائنات الفضائية لغزو المدينة والسيطرة على الأرض، يقرر التعاون من أعدائه السابقين من فريق سلاحف النينجا، من أجل التصدي لكرانج.
بينما تحاول السلاحف تنفيذ هجمة على قاعدة كرانج العسكرية والقضاء عليه، يحاول كرانج خطف أبريل، حيث يسعى كرانج لإجبارها على الوقوف أمام كراي وإضعافه.
عندما يحاول شريدر بخلق جيش كامل من المخلوقات المتحولة المخيفة والمروعة، لا يجد فريق سلاحف النينجا خيار أخر بديل عن الاعتماد على الفتى الطاحن لمساعدتهم.
يسقط ليوناردو ورفايلو ودوناتيلو تحت سيطرة مخلوق طفيلي غامض. يتعين على مايكلانجلو الوقوف وحده في حرب شديدة الصعوبة، من أجل إنقاذ أشقائه من الموت.
يقتحم دوناتلو منشأة سرية تخص كرانج من أجل إنقاذ كيربي أونيل. يكتشف دوناتلو أنه محاصر داخل سجن من المخلوقات المتحولة الخطيرة، فيكتشف أن اقتحام المنشأة كان الجزء الأسهل في المهمة.
بينما يشكل فريق السلاحف محاولة للسيطرة على مؤسسة تكنو للدراسات الكونية، من أجل إغلاق البوابة التي تدخل منها الكائنات الفضائية للأرض، يجدوا أنفسهم في أصعب مهمة بحياتهم.
يشكل فريق سلاحف النينجا محاولة جديدة للسيطرة على مؤسسة تكنو للدراسات الكونية، من أجل إغلاق البوابة التي تدخل منها الكائنات الفضائية للأرض، تبدأ المعركة الأكبر بين السلاحف وبين جيش كرانج المميت.