يُطلق الرصاص على حسن البنا، ويقرر عدد من أفراد جماعة اﻹخوان اﻹرهابية الرد على عملية اغتيال حسن البنا باغتيال رئيس الوزراء إبراهيم عبدالهادي، والذي يعلم بخطة اغتياله.
تجتمع زينب الغزالي مع سيدات جماعة اﻹخوان اﻹرهابية، ويناقش علي ماهر مع الملك فاروق أنه لا بد من كسب اﻹخوان في صفهم، وتستهدف الخلية اﻹخوانية رئيس مجلس النواب بدلًا من رئيس الوزراء وتفشل العملية، ويلقى البوليس السياسي القبض عليهم.
يناقش رئيس الوزراء (إبراهيم عبدالهادي) ما حدث من اختراق ﻷفراد جماعة اﻹخوان اﻹرهابية لصفوف الجيش والشرطة، ويجرى التحقيق مع الضابط جمال عبدالناصر، ويطلب عبدالناصر من رفقائه في الضباط اﻷحرار أن يهدئوا أنشطتهم حتى تمر الموجة، وذلك قبل تخطيطه للانقلاب العسكري على الملك.
يُفرج عن بعض أعضاء الخلية اﻹرهابية من السجن، وتسر زينب الغزالي لهم، وتقرر الجماعة خوض الانتخابات البرلمانية لكنهم لا يحصلوا على كرسي واحد في البرلمان، ويصير مصطفى النحاس هو رئيس الوزراء الجديد، ويحاول جمال عبدالناصر البحث عن مناصرين له في انقلابه العسكري.
يفتش أعضاء الجماعة عمن يتولى منصب المرشد الجديد، ويحاولون التفكير في استرجاع مقراتهم في ظل اﻷحكام العرفية المفروضة، ويقرر عبدالناصر التغاضي عن ضم اﻹخوان للانقلاب، وحين ترفع الأحكام العرفية، يقرر اﻹخوان احتلال المقر الرئيسي من جديد، وتعيين حسن الهضيبي مرشدًا لهم، وتشن عليهم الشرطة حملة، ويعود سيد قطب من الولايات المتحدة اﻷمريكية.
ينضم أنور السادات إلى تنظيم الضباط اﻷحرار، ويطلب جمال عبدالناصر الدعم من سيد قطب، وتقع انقسامات داخل الجماعة على خلفية اختيار حسن الهضيبي مرشدًا للجماعة، ويبدي الملك رغبة في مقابلة الهضيبي، ويقرر الهضيبي تقديم استقالته من منصب المرشد، ويحاول بعض اﻷعضاء اقناعه بالتراجع، ويقع حريق القاهرة، ويفكر جمال عبدالناصر في التعجيل بالانقلاب.
تقرر جماعة اﻹخوان اﻹرهابية دعم جمال عبدالناصر في انقلابه العسكري ولكن بشروطهم الخاصة، ويرفض عبدالناصر إقصاء الشيوعيين من المشاركة، لكن لعبدالرحمن السندي زعيم التنظيم الخاص في الجماعة رأي مخالف يقضي بعدم المشاركة في الانقلاب، وينفذ الضباط اﻷحرار انقلابهم.
يستعد الهضيبي وجماعة اﻹخوان لتهنئة تنظيم الضباط اﻷحرار على نجاح الانقلاب، وحين يجتمع الهضيبي مع عبدالناصر، يرفض عبدالناصر مطالبه الرجعية الممثلة في فرض الحجاب وغلق المسارح والسينمات، ويعرض عبدالناصر على سيد قطب قانون الملكية الزراعية الذي يوافق عليه، كما يمنح ثلاثة مقاعد وزارية للإخوان تحت قيادة محمد نجيب.
يغضب سيد قطب من رفض الضباط اﻷحرار توليه منصب وزير المعارف، وتقرر الجماعة رفض الوزارات المعروضة عليهم ﻷنهم يرون أنهم سيصيرون مجرد واجهة، فيما الشيخ أحمد الباجوري الذي يقبل منصب وزير اﻷوقاف دون الرجوع للجماعة، ويقرر تنظيم الضباط حل جميع اﻷحزاب السياسية، بينما يعارض عبدالناصر حل جماعة اﻹخوان.
يؤيد سيد قطب قرار عبدالناصر برفض حل جماعة اﻹخوان اﻹرهابية، وهو ما تفرح له الجماعة، ويصير عبدالرحمن السندي خارج حسابات الجماعة تمامًا، ويستدعى السندي لمكتب عبدالناصر، وتطالب الجماعة بأن يكون لها رأيها في مسألة جلاء الانجليز عن مصر، ويرون أنفسهم شركاء في الحكم.
يبلغ عبدالناصر الجماعة بأنه يجب عليهم السيطرة على الجماعات السرية المتفرعة منهم، ويقابل مستشار السفير الانجليزي أعضاء اﻹخوان للتشاور في شروط الجلاء ووضع قناة السويس، ويتم رصد ما يجرى بين الانجليز واﻹخوان، ويخطط اﻹخوان للانقلاب على جمال عبدالناصر بعد تهميش دور محمد نجيب في مجلس قيادة الثورة.
يفصل عبدالرحمن السندي رسميًا من الجماعة، وتتحرر المقرات من سيطرة رجال عبدالرحمن السندي، ويتناهى لعلم جمال عبدالناصر أن اﻹخوان يفتحون طريقًا للمفاوضات مع اﻷمريكيين الذين يشترطون الصلح مع إسرائيل، ويتولى سيد قطب رئاسة تحرير المجلة الجديدة التي ستدشنها الجماعة، ويصير رجال اﻹخوان تحت أعين المخابرات.
تحقق المخابرات مع صاحب الفيلا التي يجتمع فيها اﻹخوان مع اﻷمريكيين، ويدرك الجماعة أن مواجهتهم لعبدالناصر صارت علنية، ويقرر سيد قطب أن يكتب مقالًا ناريًا ضد مجلس قيادة الثورة، ويتقدم محمد نجيب باستقالته من المجلس،
يطالب أعضاء الجماعة المحبوسين من خلال أحد الوزراء باﻹفراج عنهم وإعادة مقراتهم وأموالهم إليهم، ويستشير عبدالناصر السندي، ويقترح عليهم أن يتعامل معهم بمكر، فيفرج عن القيادات، وتندلع المعركة بين المفتوحة بين محمد نجيب وجمال عبدالناصر، وينتظر اﻹخوان أيهما سينتصر.
يقرر محمد نجيب عودة اﻷحزاب وحل مجلس قيادة الثورة، ويغضب عليه جمال عبدالناصر، ويقرر عدد من أعضاء التنظيم الخاص وضع خطة لاغتيال جمال عبدالناصر، ويعرض أحد اﻷعضاء على محمد نجيب فكرة الاغتيال، فيؤيدها بشرط ألا تربطه صلة باﻹخوان.
يجتمع المخططين لخطة اغتيال عبدالناصر في مدينة الاسكندرية خلال تواجده في المنشية، ويستأجرون فيلا تحت اسم مستعار، ويتدرب محمود عبداللطيف على الرماية استعدادًا لمهمته، وفي يوم العملية يحصل عبداللطيف على السلاح والطلقات من لدى عبدالقادر عودة، وتفشل المهمة، ويلقى القبض على جميع قيادات اﻹخوان.
يبعث عبدالقادر عودة الهارب رسالة لعبدالناصر، ويبلغه بأنه لم يكن يعلم بخطة الاغتيال، ويحاول أن يبرر له فراره بأنه كان معتكف، ويسلم عبدالناصر الرسالة للنيابة كدليل إدانة، ويجرى التحقيق مع سيد قطب، وينشيء مجلس قيادة الثورة محاكم ثورية عاجلة للجماعة اﻹرهابية، ويُعزل محمد نجيب من منصبه وتحدد إقامته.
يُرحل المرشد إلى سجن الواحات، بينما يُحبس سيد قطب 15 عامًا مع اﻷمر بمعاملته معاملة حسنة طوال مدة سجنه، ويخطط سيد قطب داخل السجن للحشد من جديد من أجل الانقلاب على عبدالناصر، كما يدرب علي عشماوي مجموعة جديدة للوقوف ضده، ويفكر عبدالناصر في تأميم قناة السويس.
يأمم (جمال عبدالناصر) قناة السويس، وتتعرض محافظة القناة للحرب من العدوان الثلاثي. ويٌفرج عن المرشد بسبب ظروفه الصحية. يدخل سجين جديد مع (سيد قطب) مستشفى السجن يدعى (محمد يوسف الهواش)، يرحب به (قطب) جدًا. تزور (زينب الغزالي) المرشد في منزله، تشكو له مما يفعله (عبدالناصر) في الإخوان، وتتدرب مجموعة (علي عشماوي) على البحر في بلطيم.
تجتمع خلية الشيخ (عبدالفتاح اسماعيل) بخلية (علي عشماوي)، ويتفقوا على أن يكونوا جبهة واحدة ويخططان معًا لاغتيال جمال عبدالناصر. ويرسل (سيد قطب) كتاباته لـ(زينب الغزالي) عن طريق أخواته، والتي يهدف منها توجيه الإخوان. يذهب (عبدالفتاح اسماعيل) و(علي عشماوي) إلى مكتب (زينب الغزالي).
يوافق المرشد على كتابات سيد قطب، وفي المقابل تقع الكثير من الانقسامات بين اﻷعضاء المسجونين بين مؤيد ومعارض بخصوص كتابات سيد قطب، وتستمر زينب الغزالي في تهريبها خارج السجن.
يصير تنظيم اﻹخوان معترضًا على تنظيم (على عشماوي)، ويصدر اﻷمر بطباعة كتاب سيد قطب (معالم في الطريق) ويوزع في كافة المكتبات، وينال الكتاب انتشارًا كبيرًا حتى يصل ﻷيدي جمال عبدالناصر.
يأمر (عبدالناصر) بمصادرة جميع نسخ كتاب (قطب) من جميع انحاء البلاد. يقابل (عبدالناصر) (هيكل) في استراحة القناطر، ويخبره بما فعله (سيد قطب) ضد الثورة، تجتمع خلية (علي عشماوي) ويتوصلوا إلى أنهم لابد ان يكون لهم قائد. يقابل (عبدالفتاح اسماعيل) (زينب الغزالي) في مكتبها، و تبلغه بأنهم ليس لديهم مانع، أن يكون (قطب) هو أمير التنظيم. يذهب (عبدالفتاح اسماعيل) إلى (قطب) في المستشفى، و يعرض عليه الأمر، فيوافق ولكن بشروط، أن تكون الكلمة الأولى والأخيرة له.
يبلغ المرشد موفد السفارة اﻷمريكية بأن لا مشكلة لديهم في التصالح مع إسرائيل، وتعمل خلية علي عشماوي على تصنيع المتفجرات، وتصير الخلية مدربة على أعلى مستوى، وينضم شكرى مصطفى -الذي يصير بعد سنوات زعيم جماعة التكفير والهجرة- عضوًا في الجماعة، ويفكر عبدالناصر في اﻹفراج عن سيد قطب بناء على رجاء شخصي من عبدالسلام عارف.
يخرج سيد قطب من السجن ويعاني من ذبحة صدرية، وتنجح تجربة إحدى القنابل التي صنعتها الخلية، ويأمرهم سيد قطب بالتريث حتى لا تنفتح عليهم أبواب الجحيم، وترعى زينب الغزالي التنظيم الجديد برعاية أمريكية.
يجتمع (سيد قطب) بخلية (علي عشماوي)، يسمع لخططهم لإغتيال (عبدالناصر)، ولكن يطلب منهم ان يقوموا بعمليات تخريبية ضد نظام (عبدالناصر) مثل تفجير محطات الكهرباء والقناطر الخيرية وضرب العساكر وأخذ اسلحتهم، وتغلق الحكومة مقر السيدات المسلمات التابع للجماعة، ويعمل اﻷعضاء على تخزين السلاح القادم إليهم من السعودية، ويكلف شمس بدران بالتحقيق حول التنظيم الجديد، ويقبض على عدد كبير من اﻷعضاء.
يرغب علي عشماوي في الرد على ما فعله عبدالناصر بعد القبض على عدد كبير من أعضاء اﻹخوان، لكن سيد قطب يمنعه، ويعترف أحد المساجين بخصوص خلية علي عشماوي، ويُقبض على محمد قطب شقيق سيد قطب، كما يقبض على علي عشماوي الذي يعترف بأماكن تخزين اﻷسلحة، وبعدها يقبض على قطب وشقيقاته.
يعمل وكلاء النيابة على قدم وساق في تحقيقاتهم مع كافة المتهمين من اﻹخوان، ويعترف علي عشماوي بكل شيء حول خليته، كما تتجاوب زينب الغزالي مع النيابة بعد أن اتهمت الشرطة بتعذيبها.
تتوالى الاعترافات من كافة أعضاء الجماعة المقبوض عليهم، وعلى رأسهم (سيد قطب) الذي يعترف بتكفيره للمجتمع، تعترف (حميدة قطب) بأنها كانت توصل الرسائل بين شقيقها و(زينب الغزالي). تعترف (زينب الغزالي) بأن الحكومة كافرة ولابد من محاربتها وأن المجتمع يعيش في جاهلية، يعترف (علي عشماوي) بكل الخطط التي كانوا يريدون تنفيذها وعن مصادر السلاح.
تعترف (زينب الغزالي) بدعمها لكتابات (سيد قطب)، ويعترف (عبدالفتاح اسماعيل) بتمويله لتدريبات التنظيم، وأنه عمل على إحياء الجماعة، لا ينفي (قطب) الإتهامات الموجهة إليه، يرى المجتمع يعيش في جاهلية ولا بد من تحريره، ويحلوا إلى المحاكمة العسكرية، ويأمر عبدالناصر بإعدام كل من (قطب) و(الهواش) و(عبدالفتاح اسماعيل)، وتخفيف بقية عقوبات الإعدام إلى المؤبد.