يُصدر نابليون قرارًا بمحاكمة محمد كُريم بتهمة الخيانة العظمى، فيقرر لوسيان الدفاع عنه في المحاكمة، ويُحكم بإعدامه، فيأتي محمود بالفدية ولكن يُنفذ ديبوي الحكم في كٌريم.
يُصدر نابليون قرارًا بعزل لوسيان من الجيش الفرنسي بعد دفاعه عن كُريم، ويُقدم رستم آغا أسرار المقاومة لقادة الجيش الفرنسي.
يُكلف نابليون - ديبوي بالبحث عن ابنة القويسني، ويتهم فورييه - لوسيان بخيانة زوجته معه.
يهجم رجال المقاومة متنكرين في هيئة جنود فرنسيين فيقتلون 16 جنديًا وحرق متجر ديفيد، فيتهم الأخير معروف نوف بتخطيطه للأمر.
يُختطف الضابط الفرنسي مرامو وتصبح حريته في يد مينو، فيأمر الأخير بإطلاق صراح معروف نوف في مقابل مرامو، ويتضح قيام رستم آغا بإخفاء صباح ابنة الشيخ القويسني في بيته.
يُعلن ديبوي للشيخ القويسني عن موت ابنته صباح، ومع تدهور الأحوال المالية للجيش الفرنسي في مصر، يأمر نابليون بجمع الضرائب والمال والطعام من المصريين، ويعرض نابليون على مراد ولاية قنا مقابل تخليه عن قيادته للتمرد.
يتنازل مراد عن مبادئه مقابل المال من الفرنسييين، ويعلن نابليون إنشاء المجمع العلمي على الأراضي المصرية.
يتقل فورييه - فيرناندو بسبب غيرته على زوجته، ويعلن حسن العباسي على موافقته على زواج سليمان على مريم وخليل على صفية، ويُقسم نابليون على قتل خاتون يومًا ما.
ينشر نابليون رجاله لجمع الضرائب من الباعة في الأسواق وضرب النساء، فيتصدى لهم رضوان ويهرب قبل الإمساك به، ويرفض الجزار عقد معاهدة مع نابليون.
يُزيد نابليون الضرائب فيتصاعد الغضب والتمرد المصري، ويعرض مينو على علي صفقة مقابل إخماد التمرد، ويهجم محمود على مؤن مينو من الأرز ملثمًا فيسرقها بالكامل.
يضع رضوان خطة للانتقام من حملة نابليون بتدمير مصنع البارود في الدراسة، وتتم العملية بنجاح فتعترف لورا لجاكسون عن مساعدتها لرضوان والبقية في العملية.
يقبض أحمد باشا الجزار على جندي فرنسي تسلل داخل عكا فيقرر استغلاله لمساومة نابليون، وتُكشف زمزم لآغا عن محاولة تسميم الجارية مندورة له، بينما تتهم صباح - زمزم بارتكابها لمحاولة تسميم آغا.
يُكشف محمود مؤامرة علي ضده وتكليفه رجال لضربه وتدمير متجره، وتهجم صباح على زمزم في محاولة لقتلها والهرب فينجح الحرس في إنقاذها.
يحاول كليبر البحث عن عرافة تنبأت بموته، ويُعلن رستم آغا عن رغبته في الزواج من صباح ويرفض الاستماع لرفضها.
تكتشف زمزم نوايا رستم آغا بالزواج من صباح، فتهرب صباح من القصر، ويصل رضوان ورجاله لقصر رستم آغا لقتله ويفشلوا في العثور عليه، ويموت حسان أثناء أحد العمليات الفدائية.
بعد تسريحه من الجيش، يعمل لوسيان كأمين في المجمع العلمي، ويعلن مينو دخوله الإسلام كمناورة لخداع المصريين والتظاهر بتقربه منهم ويختار اسمه عبدالله.
يهرب الملازم فورييه من معسكر الحملة فيرسل الجنرال جنوده لملاحقته، ويهجم فورييه على قصر نابليون ويتهمه بخيانته مع زوجته فيأمر الأخير رجاله بوضعه في السجن.
يتزوج سليمان من مريم، ويضع شوفيير ومينو خطة لتقربهما من المصريين، من خلال تزويج مينو لأحد بنات العائلات في القاهرة.
يكتشف جارم رغبة مينو في الزواج من احدى ابنتيه فيزوجهما قبل حدوث ذلك، ويعرض مينو على محمد الرشيدي الزواج من ابنته زبيدة فيصبح الأب في موقف عصيب.
يحاول علي إقناع محمد بتزويج زبيدة لمينو للحصول على ثروة ضخمة، وتعثر خاتون على فتاة (صباح) تائهة وفاقدة للوعي.
يُعلن السلطان العثماني الحرب على فرنسا، فيصدر نابليون قرار بإعدام أي مصري يروج لفرمان السلطان، ويقبض نابليون على الشيخ قويسني ويتهمه بتدبير المؤامرات ضد الحملة، ويطلب كليبر من نابليون إعادته إلى فرنسا وعزله كحاكم إسكندرية.
يصدر الآغا قرارًا لحرسه بالقبض على سليمان الحلبي، وبعد إطلاق سراح قويسني تنطلق ثورة القاهرة الأولى من جميع المحافظات ومركزها الأزهر الشريف، ويهجم جنود الحملة الفرنسية فيُقتل ديبوي على يد رضوان.
يأمر نابليون رجاله بقتل قويسني، ويتراجع نابليون عن إعدام خاتون بعد اكتشافه لإنقاذها للكثير من الجنود الفرنسيين في منزلها، وتستعد المقاومة لانتفاضة جديدة ضد الحملة الفرنسية.
توافق زبيدة على الزواج من مينو لإنقاذ والدها، ويحاول محمود إقناع زبيدة بالعدول عن قرارها دون جدوى.
يتزوج مينو بزبيدة، فتعترف له بحبها لمحمود، فيقبض على الأخير ويعذبه أمامها ويُلقي به في السجن لمحاكمته.
تمرض مريم وتفارق الحياة، ويصدر مينو أوامره بإعدام محمود أمام زبيدة فيهجم الأهالي على الجنود الفرنسيين ويتم تحرير محمود.
يطلب الجارم من محمود الابتعاد عن زبيدة لحمايتها وحماية نفسه، تلجأ صباح للهرب من منزل خاتون خوفًا من عثور رجال آغا عليها.
ينتقم سويلم من ديفيد الذي أفقده بصره فيفقأ عينيه، ويكتشف رستم آغا خيانة زمزم له فتطعنه قبل أن يرد لها الطعنة ويموت الثنائي.
تختبئ صباح في منزل حسن العباسي، ويطلب جاسم الزواج من صباح، فيرفض سليمان ويتزوج هو منها.
تصاب صباح بصدمة حينما ينجح رضوان في الوصول لمكانها ليكتشف زواجها من سليمان، ويرفض نابليون السماح لكليبر بالعودة لفرنسا.
يقع مرامو أسيرًا في أيدي سليمان، فيرفض الأخير إعدامه ويلقيه في السجن، وينجح مرامو في فك أسره فيقتل حسن العباسي وصباح ويفر هاربًا.
ينتشر الطاعون الدبلي في مصر فيصاب جنود كثيرون من جيش نابليون، ويهجم الجيش الفرنسي على جيش الجزار، فيتعرض كافاريللي لإصابة بالغة فيفارق الحياة.
يطلب لوسيان من جاكسون الزواج من ابنته لورا، فترفض وتعترف لوالدها بحبها لمحمود، فيكتشف محمود الأمر ويقرر الزواج منها، وتكتشف زبيدة حملها من مينو.
يجتمع رجال المقاومة لبحث الخروج والثورة للمرة الثانية ضد جيش نابليون وحملته على مصر، ويتسلل محمود لمنزل عائلته متخفيًا لتوديع والدته على فراش الموت.
يزداد نفوذ كليبر في القاهرة، فيتذكر نبوءة العرافة التي تنبأت بصعود نجمه ثم قتله في النهاية فيأمر حراسه بالبحث عن العرافة، ويتولى كليبر المسؤولية كقائد عام بعد عودة نابليون لفرنسا.
يعود سليمان الحلبي بعد مشاركته في معارك ضد الفرنسيين ويُعلن استشهاد زميله رضوان، وتصاب لورا بصدمة حينما تكتشف أن زبيدة ما زالت تحب محمود.
تشتعل ثورة القاهرة الثانية مع وصول الحملة الفرنسية لحالة حرجة بمفاوضاتها مع الجانب العثماني، ويطلب كليبر من مراد مساعدته فيقترح عليه بحرق القاهرة بأكملها.
يرفض كليبر الاستماع للنصائح بمحاولة إرضاء المصريين وإخماد الثورة، فيفرض غرامات كبيرة على القاهرة وتسليم كل الأسلحة التي يمتلكوها، ويحتجز الشيخ سادات فتجمع خاتون 100 ألف فرانك لتحريره.
تعود العرافة لتُخبر كليبر عن مصيره بالقتل فيقوم بقتلها، ويهجم رجال كليبر للقبض على كل شيوخ الأزهر وحلفائهم فتُقتل لورا أثناء القبض على جاكسون، ويتسلل سليمان الحلبي لقصر كليبر في هيئة متسول فيغتاله ويتم القبض عليه ويعدم.