يستولي طغرلبك على نيسابور، بينما تنجب زمردة - عمر، ويهدد طغرلبك شقيقه داوود بالانتحار بعد اكتشافه لنيتة إطلاق رجاله بالمدينة.
يستجيب داوود لأوامر شقيقه طغرلبك فيعاهده على طاعته، وتتوفى زمردة بعد ولادة عمر، ويترك طغرلبك نيسابور تحت تصرف إبراهيم ومساعده كطلمش، ويتآمر إبراهيم مع البساسرى فيسلمه الموصل التي فتحها طغرلبك.
اعتاد عمر على القراءة، بينما رفض أمير المؤمنين ترك دار الخلافة ببغداد بعد اقتحام البساسري لها، ووافق الخليفة على تسليم دار الخلافة بعد إنقاذ بن بدران له، وقرر عمر السفر لعلي ليتعلم الرياضيات.
توفيت صفية بعد اكتشافها نية حليم للالتحاق بجيش السلاجقة، وقتل طغرلبك - إبراهيم وحرَّر أمير المؤمنين بعد طرد البساسرى، ونبغ الخيام بالرياضيات تحت إشراف معلمه.
يشك علي بهوية عمر لكونه أذكى من رأى، واضطر أمير المؤمنين إلى الخضوع لطلب طغرلبك للزواج من ابنته، وقرر حليم وعمر الذهاب في رحلة لاستعادة ذكرياتهما.
عاد عمر لسمرقند بعد مقتل حليم ليتفاجأ بوفاة الموفق وزواج ياسمين من أبو زيد، بينما تفاجأ عمر بإجبار الملك ناصر خان لرجال الدين على الركوع له، والتقى عمر بالشاعرة نسرين بقصر ناصر خان.
يتبادل عمر ونسرين نظرات الإعجاب بعد اقتحامها منزله، ويتفاجأ ناصر خان بمقتل البرسلان قبل دخوله سمرقند، ويرعى القاضي أبو طاهر - عمر، وتصرح نسرين بحبها لعمر قبل تركها لسمرقند.
يتعرف عمر على حسن الصباح في طريقه إلى نيسابور، ويتفاجأ أبو طاهر باستعانة الوزير نظام الملك بعلوم عمر وتعيينه صاحب الخبر، ويرشح عمر - الصباح لهذا المنصب.
يعين الصباح الجواسيس بحكم منصبه، بينما يحضر نظام الملك لعمر معدات علوم الفلك، ويحبط الصباح مؤامرات لقتل السلطان، ويُقبض على الصباح بعد مؤامرة نظام الملك.
نُفِيَ الصباح خارج البلاد، بينما اشتهر عمر وعلومه، وأشاد السلطان برصد عمر لحركة النجوم، وتفاجأ عمر بموافقة نسرين على الزواج منه.
يتفاجأ عمر بتربص رجال الدين له لزعمهم استخدامه لمعدات الكفار، بينما يقيس عمر الزمن ويكشف بطلان المقاييس الأخرى، وتنجب تركان خاتون - محمود، وينوي الصباح اغتيال السلطان.
يقتل الصباح - أبو طاهر بعد تعاونه مع نظام الملك ضده، بينما تحاول خاتون إقناع السلطان بالقبض على نظام الملك بعد خداعه إياه، ويستنجد عمر بالسلطان من وزيره لتهديده إياه.
ينجح الصباح بفتنته ضد السلطان، وينضم عوني حفيد أبو جعفر لداوود، بينما تسوء حالة نظام الملك الصحية، ويتفاجأ السلطان بسوء معاملة حاكم المروى لكبار السن فيدعوه للمثول أمامه.
تحلم نسرين بالإنجاب، ويقرر السلطان عزل والده من مناصبه، وتُقنع خاتون السلطان بالاستعانه بالصباح لقتل والده، ويرعى عمر - نظام الملك بآخر أيامه.
أصبح تاج الملك وزير السلطان، وتفاجأ تاج الملك بتكليف السلطان له بالقضاء على رجال نظام الملك، واستعان نظام الملك بالإمام أحمد لحفظ وصيته، وتفاجأ عمر بتدبير مكيدة للتخلص منه.
يتفاجأ نظام الملك بطلب السلطان مرافقته لبغداد للقاء الخليفة، بينما يتفاجأ الصباح بقتل ابنه لحسين القيني، وقتل حفيد جعفر - نظام الملك تلبية لرغبة الصباح.
يشك عمر بوجود علاقة بين نسرين ومقتل نظام الملك، بينما يرفض السلطان طلب رجال الدين بمحاكمة الخيام، ويسعى الصباح لعقد الصلح مع السلطان، بينما يحكم معاونو الصباح بإعدام إبنه.
يطلب السلطان من تاج الملك قتل الصباح، ويطارد شبح نظام الملك السلطان بعد تآمره على قتله، ويؤثر الصباح على إسماعيل ليقتل السلطان فيطعنه.
تأمر خاتون بإخفاء وفاة السلطان وتدعي رغبة السلطان بتولي محمود وراثة العرش، بينما يتشاجر الخيام مع زوجته فيترك المنزل حزنًا على السلطان.
أسرت خاتون الأمير بكريارك في نيسابور بمساعدة برزخ، وتفاجأت نسرين بمقتل السلطانة، بينما تفاجأ عمر برفض نسرين مغادرة القصر خوفًا على محمود.
حصل بكريارك على العرش بفضل خيانة تاج الملك، بينما حكم رجال الدين على عمر بالخروج من البلاد، وتفاجأ عمر بمقتل نسرين فذهب لحلب والتقى بياسمين لتتوفى بين يديه.
يحكم القضاة على عمر بالإلحاد لمؤلفاته التي يخاطب بها الرب بحدة، بينما يترك الصباح وصيته لأبو علي.
ينسخ وردان مؤلفات عمر، بينما يعزل الصباح نفسه بالبرج حتى وفاته، ويتفاجأ عمر بمقتل وردان، وتوفي علي بن الصباح، واختفى أثر الصباح من البرج فى ظروف غامضة.