يُحاكَم الإمام الشافعي بتهمة خيانة البيعة، ثم ينتقل مع عائلته إلى القاهرة فتمرض زوجته أثناء الرحلة ويتخلفون عن إكمال الرحلة؛ فيشك الوالي في تآمر الإمام.
يتذكر الشافعي محاكمته بعد الحديث مع هارون الرشيد حول العلوم، ويتدخل الشافعي لحل الصدام بين والي مصر وابن الأمير ويمدح مصر بأبيات.
تصل قافلة الإمام إلى مصر وتُستقبل في الفسطاط. يشكو قائد الجند من سوء حالهم فلا يهتم ابن الوالي، يحاول ابن الوالي إحراج الإمام فيستخف به الإمام.
يبحث الإمام عن دراسات الليث بن السعد بمساعدة يوسف، لكن يُصدم الإمام بتدمير أبحاث الليث فيشكو للسيدة نفيسة من عدم الاهتمام بتدوين العلم.
يقرر الإمام الانتقال من منزل عبدالحكم ليركز في العلم. ويتدخل الإمام في نقاش حول الأئمة وينصح الحضور بعدم بخسهم حقوقهم فأهمية دراسات الليث مثل غيره من الأئمة.
يستمر شك ابن الوالي في الشافعي ويرسل رجاله لمهاجمته فيدافع عنه شكلب قائد الأحواف، ويصل الإمام إلى يحيى ابن حسان طالبًا للمعلومات عن الليث.
بأوامر من ابن الوالي، يتآمر الجروي قائد الشرطة على إخفاء شكلب لمساعدته للإمام، فيبحث صهيب كبير الأحواف عن شكلب لأن اختفاءه سيؤدي إلى صراعات.
يقتل ابن الوالي - شكلب أمام الجميع باعتباره خائنا، فيحتج أهل الفسطاط بالالتزام في منازلهم، وتصل الأخبار إلى الأحواف ويخطط صهيب للانتقام.
يخطط المطلب والسُري للانتقام من ابن الوالي على أفعاله، يساعد الإمام شخصًا ضُرب وسُرق أثناء الفوضى، تطال الفوضى منزل الإمام وتُحرق كتاباته.
يُنقذ الإمام كتاب دراسات الليث من الحريق. يقرر السُري الاتفاق مع الأحواف على أخذ حق شكلب، ويحاول نائب ابن الوالي الصلح بين الأخير والإمام ولكنه يرفض. يتهم شخص الشافعي بإفساد الدين.
ينتقد شاب الإمام لكتابته على جلود الحيوانات فيرد الإمام بالدين وتظهر آراء الفقهاء. يخبر الجراوي رجاله بالاستعداد للاختفاء في حالة تعاون السُري والأحواف.
يتعاون السُري والأحواف لإخراج المطلب من السجن وتعيينه حاكمًا للفسطاط بمساعدة النائب أبو بشر، بينما يتمسك الإمام بإقامة دروسه في هذه الظروف. يُهرب الجراوي - ابن الوالي ويتركه في الصحراء.
يُفرض حظر تجول في الفسطاط، ويتدخل الإمام لإيقاف الشرطة من اقتحام بيت حُسن، ثم يكتشف اختفاء ابنه المقبوض عليه فيبحث أهل الفسطاط عنه ويقرر السُري الإفراج عنه.
يقرر الإمام إخراج بناته للتعلم، ومساعدة حُسن والسيدة نفيسة على التعلم لمنع الملل، يطلب المطلب من الإمام الذهاب إلى الوالي لشرح أسباب تغيير الحاكم في الفسطاط، لكنه يرفض لعدم اقتناعه بما حدث.
يقبض الأحواف على ابن الوالي ويبعث والده لصهيب يطلب العفو عنه. يدخل الإمام في صدام مع أحد تلاميذه بسبب تشكيكه في التوحيد ويناقشه بالقرآن.
يحرج إدريس - الإمام بسؤاله عن دليل في القرآن لمسألة دينية فيحاول الإمام الوصول لإجابة، بينما يُسلم صهيب - ابن الوالي لوالده، ويخاف المطلب من تحالف الأحواف والوالي.
يأمر المطلب - السُري بالتخلص من الجراوي خوفًا من تحالفه مع الوالي، ويشك السُري في تخطيطه لإبعاده عن الفسطاط. يقرر الإمام تدوين ما توصل إليه من علم حتى تستفيد الأجيال من بعده.
توفر حُسن للإمام الأدوات المطلوبه لتدوين علمه، بينما يشجع الجراوي - الوالي على دخول الفسطاط لكنه يرفض لوجود أمور أهم، ويحاول الصلح بين الجراوي وصهيب.
يفكر الإمام في طريقة لإيصال العلم إلى الناس في بيوتهم بسبب خوفه من الجهل، ويبدأ تلاميذه في تدوين دروسه، بينما يحشد السُري جيشه للتخلص من الجراوي أو القبض عليه.
يبعث الجراوي رسالة إلى السُري على لسان الوالي يطلب منه التفاوض، يواجه الإمام - عُقيل بعد اتهامه لعمرو وهند ظلمًا ويستمع لأقوال الشهود فيثبت براءتهم.
تثير قضية هند الجدل بين مؤيد ومعارض لحكم الإمام، ويلوم الوالي - أبو بشر على خيانته فيقدم له الأخير هدية ليظهر خداع المطلب للتخلص منه، ويقبض الجراوي على السري بعد مواجهة بينهما.
يطلب العباسي من صهيب الانتقام من أبو بشر والمطلب، ثم يموت العباسي مسمومًا بهدية المطلب، ويتفق الجراوي والسُري على تزوير خطاب من المأمون بتعيين السُري واليًا على الفسطاط والجراوي قائدًا للجند والشرطة.
يناقش الإمام شخصًا في ميراث المرأة وضرورة اتباع الشرع، وتطلب فتاة منه حضور دروس المسجد لوجوب طلب العلم على كل مسلم فيفكر الإمام في الأمر، يبعث السُري للمطلب بالرحيل ويشك الأخير في ولاء أبو بشر.
يوافق الإمام على حضور الفتيات لدروسه في المسجد ويُحضر بناته لتشجيع الأخريات، ويصل الجراوي والسُري إلى الفسطاط ويُعلن الأخير نفسه واليًا على الفسطاط، ويهرب أبو بشر ويأخذ معه الدفاتر المهمة.
ينصح السُري - المطلب بالهروب ويلومه الأخير على عزله، ويشك الجراوي في تخطيط السُري لخيانته، ويختلف الشافعي مع الناس حول صحة كل أقاويل الإمام مالك، ويقرر تدوين اختلاف آرائه مع مالك.
يستمر الهجوم على الشافعي بسبب آرائه حول مالك فيحاول الدفاع عن نفسه، لكن تشتعل الفتنة ويُمنع تلاميذه من حضور دروسه، يأمر السُري بإبعاد الجراوي عن الفسطاط وسحب بعض السلطات منه.
تواجه حُسن - السُري بشكها في مقتل زوجها وتطلب منه البحث في الأمر، ويوافق صهيب على الاتحاد مع الجراوي ضد السُري لإنقاذ الفسطاط، ويحزن أهل الفسطاط لرحيل السيدة نفيسة فتقرر البقاء.
يخطط الجراوي وصهيب لكسب الإمام في صفهما، وكذلك السُري، فيرفض الإمام طلب الجراوي ويتخلف عن موعد السُري فيشك في ولائه، ويُمنع الإمام وتلاميذه من دخول المسجد ويتهمه فتيان بالطمع في السلطة.
يطرد السُري - فتيان من الفسطاط بعد إهانته للشافعي، وتُحرق غرفة تدوين علم الإمام فيحزن أهل الفسطاط، ويتخلص السُري من رجاله ويكشف أحدهم لحُسن قتله زوجها بأمر منه، وتموت زوجة الإمام.
يساعد أهل الفسطاط الإمام في تدوين علمه، ويخاف السُري من تحالفات الجراوي ضده فيهاجم الأخير الفسطاط لكن يحميها الأهل بقيادة الإمام، ويُقتل صهيب فيتراجع الجراوي عن الحرب، ويظل السُري والي مصر.